La comunicación analiza las relaciones generadas entre organizaciones indígenas de cinco países andinos (Bolivia, Colombia, Chile, Ecuador y Perú) con un programa regional universitario, a partir de su involucramiento en el mismo desde su propia gestación. Con base en ello, se describen niveles e instancias de participación indígena en el programa, dando ejemplo de algunas de las actividades-tipo que se llevan a cabo. La parte central del trabajo analiza las especificidades de esta relación en cada uno de los países involucrados, tomando como eje la historia de la educación intercultural bilingüe (EIB) o de la etnoeducación en cada uno de ellos. Finalmente, se analiza cómo el desarrollo de un programa de este tipo contribuye también a la gestación de relaciones entre organizaciones y actores indígenas, de cara a una mayor participación social en la educación así como también a la gestación de programas indígenas de educación superior; tal es el caso, de los proyectos de universidad indígena en ciernes tanto en Colombia como en Bolivia, o que comienzan a ejecutarse en Ecuador y en el Perú.